Trong cuốn tự truyện của mình, Sepherd tiết lộ rằng cô đã gọi cho mẹ mình vào năm 1978, khóc và không hài lòng với con đường và sự nghiệp đang đi. Mẹ cô trả lời: "Cybill, về nhà đi." Sepherd về nhà ở Memphis, nơi cô gặp và bắt đầu hẹn hò với David M. Ford, một đại lý phụ tùng ô tô địa phương và người giải trí hộp đêm. Cô mang thai và hai người kết hôn năm đó. Con gái của họ, Clementine Ford, sinh năm 1979. Cuộc hôn nhân kết thúc bằng ly dị năm 1982.

Năm 1987, Sepherd mang thai với chiropractor Bruce Oppenheim và kết hôn với anh ta, sinh ra cặp song sinh, Cyrus Zachariah và Molly Ariel Shepherd-Oppenheim trong mùa thứ tư của Moonlighting. Hai người ly hôn năm 1990.

Vào tháng 6 năm 2012, Sepherd đã đính hôn với Andrei Nikolajevic. Vào năm 2015, lễ đính hôn đã bị hủy bỏ.

Tín ngưỡng tôn giáo

Người chăn cừu trước đây đã tự mô tả mình là "một phật tử ngoại giáo thờ phụng nữ thần"; còn được gọi là một tôn giáo mẫu hệ.

Vào tháng 10 năm 2014, như một phần của việc công khai cho bộ phim có chủ đề Kitô giáo sắp ra mắt, Do You Believe?, Trong đó cô sẽ đóng vai chính, Shepherd tiết lộ rằng cô đã trở lại với đức tin Kitô giáo của mình.